Та на цьому його політична діяльність так і не закінчилась: з 27 лютого 2014 року Міністр внутрішніх справ України, а на позачергових виборах Верховної ради був обраний народним депутатом від Народного фронту. Та за час правління в МВС Борисовичу припало не мало звинувачень. Після смерті Олександра Музичка активісти «Правого сектора» вимагають від Авакова відставки з посади міністра. Згодом за відставку закликала Рівненська міська рада по тій же причині, та добитись свого не вдалось ні активістам, ні раді. Наступним випробуванням для Авакова стало розслідування журналу «Новое Время» (Новий час) про те, як Арсен Аваков в кріслі очільника МВС не тільки зумів повернути всі втрачені раніше бізнес-активи, але й за допомогою сім'ї активно заробляє на видобутку газу, занижуючи його вартість і «оптимізуючи» податки.
13 вересня 2016 року генпрокурор Луценко заявив, що стосовно міністра внутрішніх справ Арсена Авакова відкрито кримінальну справу і ведеться слідство. 14 вересня перший заступник генерального прокурора Дмитро Сторожук повідомив, що прокуратура України передала до НАБУ матеріали, в яких фігурує ім'я міністра внутрішніх справ. Пізніше стало відомо, що НАБУ розслідує кримінальне провадження за фактом зловживання службовим становищем посадовими особами Дергачівської районної адміністрації Харківської області під час відчуження у приватну власність понад 18 га землі компанії «Інвестор», яку заснував міністр внутрішніх справ Арсен Аваков і кінцевим бенефіціаром якої зараз є дружина міністра Інна.
Та, окрім таких випробувань можливо на радість, а може й на горе Борисович став лауреатом всеукраїнської антипремії «Московський попихач».

Аваков – бенефіціарний власник двох кіпрських компаній, зареєстрованих за однією адресою. Він також володіє 100% корпоративних прав італійської Avitalia s.r.l. Глава МВС володіє двома квартирами в Харкові і однієї в Чугуєві Харківської області. У Авакова і його дружини у власності по одній ділянці землі в селі Коробочкине Чугуївського району. Також Аваков має авторське право на книгу "Ленін з нами?" російською, українською та англійською мовами. А ще він двічі входив у список найбагатших та найвпливовіших людей України за версією журналу «Фокус». Та попри свою «низьку» 22-ох тисячну зарплату, Борисович може дозволити купити своєму сину дорогі тачки та квартири в центрі Києва. За такою діяльністю раніше журналістське розслідування проводило Радіо Свобода про «справу рюкзаків» та сина міністра, та на це Аваков просто закрив очі.
Окрім метушні із політикою та власним бізнесом, котрий Арсен Борисович крутить як хоче, увагу суспільства привернув факт, що Міністр внутрішніх справ України(!) розмовляє виключно російською.. І пости свої в соцмережах Фейсбук-міністр також публікує виключно російською. Але такий русизм мовлення також міг бути покараний, оскільки Борисович відкрито ігнорує 10 статтю Конституції України. Хоч і коріння Авакова, точніше Авак'яна вірменське, та це не є причиною не розмовляти українською.